Kristallen zijn materialen met een geordend, zich herhalend roosterpatroon, terwijl edelstenen zowel kristallijne als amorfe structuren kunnen hebben. De eerstgenoemde worden gedefinieerd door hun sterk georganiseerde, geometrisch gerangschikte atomen, terwijl de laatstgenoemde een meer ongeordende ordening van atomen kunnen hebben.

Een edelsteen kan een kristal zijn, maar een kristal kan geen edelsteen zijn.” Een diamant is bijvoorbeeld een edelsteen en een kristal, terwijl suiker een kristal is maar geen edelsteen. Ook ijs en zout zijn kristallen maar worden niet als edelstenen beschouwd. Amethist daarentegen is een kristal en een halfedelsteen.